放置时间较长的奶茶可能存在重大的卫生隐患。市场上的饮品检测结果显示，随着时间推移，奶茶中的细菌数量显著增加，对健康构成威胁，特别是那些含有各类小料的奶茶，其细菌总数可高达120万个单位，远超其他饮品标准。更有甚者，在部分品牌奶茶样品中检出了来源于粪便的细菌，引人忧虑。
对比之下，柠檬水与咖啡因含菌量较低，显得更为安全，奶茶因其高糖、高蛋白及高脂肪成分，成为了细菌繁殖的理想环境。加之珍珠、椰果等小料中丰富的淀粉质，更加速了细菌的滋生过程。奶茶一旦开封，空气中的细菌也会侵入，加剧了这一问题。
鉴于此，专家推荐奶茶应在购买后两小时内饮用完毕，尤其在高温环境下。若无法及时饮用，应将奶茶存放于5℃以下的冰箱内或重新加热至60℃以上以确保安全。然而，若奶茶在室温条件下放置超过四小时，应避免饮用，以防止食物中毒等安全事件。
此外，长期饮用放置时间过长的奶茶，还可能带来其他健康风险，包括由奶茶中的反式脂肪酸及其他添加剂所引起的肥胖、认知功能下降及生育能力受影响等问题。
这些发现促使消费者逐渐调整饮品选择，转而偏好更健康的选项。尽管如此，仍有一部分人因为情感因素，不愿轻易遗弃未饮用完的奶茶。
大多数人现已认识到，为了健康考量，应当优先选择新鲜制作的奶茶，并留意饮品容器的清洁卫生，防止二次污染的发生。